超聲波發生器的頻率在部分設備中，是固定的（如超聲波加濕器），只工作在設計頻率，但可以調節輸出功率大小；但在某些設備中，設置有一定的調整范圍供使用者調整，就是說在這些設備中，超聲波發生器的頻率可以調整，并且在使用中應該調整：如在大型超聲波清洗機使用時，為了讓被清洗器件在清洗時處于共振狀態，在設定了清洗功率后，配合微調輸出超聲波頻率，使清洗效果達到最佳。

  當工作頻率很低（在人的聽覺范圍內）就會產生噪音。當頻率低于20kHz時，工作噪音不僅變得很大，而且可能超出職業安全與保健法或其他條例所規定的安全噪音的限度。在需要高功率去除污垢而不用考慮工件表面損傷的應用中，通常選擇從20kHz到30kHz范圍內的較低清洗頻率。該頻率范圍內的清洗頻率常常被用于清洗大型、重型零件或高密度材料的工件。